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En 1998, le Vatican ouvre partiellement les archives de l'Inquisition.
C'est à partir de cette nouvelle source d'information qu'est réalisée une série de 4 documentaires : Les dossiers secrets de l'Inquisition.

Chapitre III : La guerre des idées

Au début du XVIe siècle, les idées de Martin Luther se propagent grâce au développement de l'imprimerie.

Les villes au commerce florissant, telle Venise, et les grandes universités, telle Padoue, deviennent des carrefours d'idées nouvelles. Les esprits s'émancipent, mais le Vatican est prêt à tout pour que les populations restent sous son contrôle.

Ainsi, le pape Paul III établit - en se basant sur les édits de l'Inquisition - la possibilité de pourchasser et de mettre à mort les protestants.
Puis, le pape Paul IV s'attaque à la protection des juifs.

Le Vatican publie également une liste des livres interdits afin de préserver son autorité sur le monde chrétien.